ESMMaskedPLM 类keras_hub.models.ESMMaskedPLM(backbone, preprocessor=None, **kwargs)
用于掩码蛋白质语言建模任务的端到端 ESM2 模型。
此模型将在掩码蛋白质语言建模任务上训练 ESM2。该模型将预测输入数据中若干掩码标记的标签。有关使用此模型预训练权重的说明，请参阅 from_preset() 方法。
此模型可选地可以配置一个 preprocessor 层，在这种情况下，在 fit()、predict() 和 evaluate() 期间，输入可以是原始字符串特征。输入将在训练和评估期间被分词并动态掩码。这是通过使用 from_preset() 创建模型时默认完成的。
参数
keras_hub.models.ESM2Backbone 实例。keras_hub.models.ESM2MaskedPLMPreprocessor 或 None。如果为 None，此模型将不应用预处理，并且在调用模型之前应预处理输入。示例
原始字符串数据。
features = ["The quick brown fox jumped.", "I forgot my homework."]
# Pretrained protein language model.
masked_lm = keras_hub.models.ESM2MaskedPLM.from_preset(
"hf://facebook/esm2_t6_8M_UR50D",
)
masked_lm.fit(x=features, batch_size=2)
# Re-compile (e.g., with a new learning rate).
masked_lm.compile(
loss=keras.losses.SparseCategoricalCrossentropy(from_logits=True),
optimizer=keras.optimizers.Adam(5e-5),
jit_compile=True,
)
# Access backbone programmatically (e.g., to change `trainable`).
masked_lm.backbone.trainable = False
# Fit again.
masked_lm.fit(x=features, batch_size=2)
预处理的整数数据。
# Create a preprocessed dataset where 0 is the mask token.
features = {
"token_ids": np.array([[1, 2, 0, 4, 0, 6, 7, 8]] * 2),
"mask_positions": np.array([[2, 4]] * 2)
}
# Labels are the original masked values.
labels = [[3, 5]] * 2
masked_lm = keras_hub.models.ESM2MaskedPLM.from_preset(
'hf://facebook/esm2_t6_8M_UR50D',
preprocessor=None,
)
masked_lm.fit(x=features, y=labels, batch_size=2)
from_preset 方法ESMMaskedPLM.from_preset(preset, load_weights=True, **kwargs)
从模型预设实例化一个 keras_hub.models.Task。
预设是一个包含配置、权重和其他文件资产的目录，用于保存和加载预训练模型。preset 可以作为以下之一传递：
'bert_base_en''kaggle://user/bert/keras/bert_base_en''hf://user/bert_base_en''./bert_base_en'对于任何 Task 子类，您都可以运行 cls.presets.keys() 来列出该类上所有可用的内置预设。
此构造函数可以通过两种方式调用。一种方式是从特定任务的基类（如 keras_hub.models.CausalLM.from_preset()）调用，另一种方式是从模型类（如 keras_hub.models.BertTextClassifier.from_preset()）调用。如果从基类调用，返回对象的子类将从预设目录中的配置推断出来。
参数
True，已保存的权重将被加载到模型架构中。如果为 False，所有权重将被随机初始化。示例
# Load a Gemma generative task.
causal_lm = keras_hub.models.CausalLM.from_preset(
"gemma_2b_en",
)
# Load a Bert classification task.
model = keras_hub.models.TextClassifier.from_preset(
"bert_base_en",
num_classes=2,
)
| 预设 | 参数 | 描述 |
|---|---|---|
| esm2_t6_8M | 7.41M | ESM-2 蛋白质语言模型的 6 个 Transformer 层版本，在 UniRef50 聚类蛋白质序列数据集上进行了训练。 |
| esm2_t12_35M | 33.27M | ESM-2 蛋白质语言模型的 12 个 Transformer 层版本，在 UniRef50 聚类蛋白质序列数据集上进行了训练。 |
| esm2_t30_150M | 147.73M | ESM-2 蛋白质语言模型的 30 个 Transformer 层版本，在 UniRef50 聚类蛋白质序列数据集上进行了训练。 |
| esm2_t33_650M | 649.40M | ESM-2 蛋白质语言模型的 33 个 Transformer 层版本，在 UniRef50 聚类蛋白质序列数据集上进行了训练。 |
backbone 属性keras_hub.models.ESMMaskedPLM.backbone
一个具有核心架构的 keras_hub.models.Backbone 模型。
preprocessor 属性keras_hub.models.ESMMaskedPLM.preprocessor
用于预处理输入的 keras_hub.models.Preprocessor 层。